Historia Młodej Ekstraklasy sięga 2006 roku, kiedy to Bogdan Basałaj, ówczesny Prezes Zarządu Wisły Kraków wpadł na pomysł, aby stworzyć taką ligę. Zainspirował go Adam Nawałka, który po powrocie ze stażu trenerskiego we Włoszech, opowiedział Basałajowi o włoskiej lidze dla młodzieży.  Latem 2006 stworzono projekt rozgrywek, a wszystkie kluby zaakceptowały go w lutym 2007, czego efektem było stworzenie właśnie Młodej Ekstraklasy.  Inauguracyjne spotkanie ligi rozegrano dzień po starcie sezonu 2007/2008 Orange Ekstraklasy.  Ruch Chorzów podejmował Dyskobolię Grodzisk Wielkopolski. Drużyna z Grodziska wygrała 2-1, a historycznego, pierwszego gola zdobył Łukasz Janoszka.

Wisła Kraków, jak dotąd w Młodej Ekstraklasie odnosi znaczne sukcesy ? w inauguracyjnym sezonie 2007/2008 sięgnęła po mistrzostwo tej kategorii, a w poprzednim sezonie zajęła drugie miejsce w tabeli. ?Białą Gwiazdę? wyprzedził Ruch Chorzów ? zaledwie o jeden punkt.